Ruffys Freunde sind immer noch auf der Suche nach Ruffy, und der ist immer noch auf der Suche nach einem Wirtshaus. Während Ruffys Freunde sich in der Stadt umsehen, begegnen sie sowohl Ace als auch Käpt'n Smoker. Sie beschließen daraufhin, die Stadt sofort zu verlassen, da sie fürchten, dass von den beiden Gefahr ausgeht. Ace und Smoker treffen in einem Wirtshaus aufeinander. Smoker will Ace festnehmen. Gerade als zwischen den beiden eine Auseinandersetzung zu beginnen droht, kommt Ruffy und schleudert in seiner Fressgier die beiden einfach durch die nächste Wand. Als Smoker sich wieder erholt, versucht er Ruffy zu kriegen, der sofort davonläuft und dabei auf seine Freunde stößt. Als Smoker Verstärkung von einigen Marine-Soldaten bekommt, befinden sich Ruffy und seine Freunde in großer Gefahr, doch dann kommt Ace und rettet sie.

Ace hat die Marine aufgehalten, damit Ruffy und seine Freunde fliehen können. Sie fliehen aufs Schiff, nur Ruffy verirrt sich schon wieder in der Stadt. Die anderen fahren schon mal los, um die Flying Lamb auf einem Fluss ins Landesinnere zu bringen und dort zu verstecken. Ace und Ruffy treffen sich in Nanohana. Die Billions versuchen sie zu schnappen, aber die Beiden werden leicht mit ihnen fertig. Dann sieht Ruffy auf einmal die Flying Lamb und zieht sich mit seinem langen Arm aufs Schiff. Ace folgt kurze Zeit später und versucht Ruffy und seine Crew zu überreden, mit ihm zusammen in Whitebeards Piratenbande einzutreten. Aber davon will Ruffy nichts wissen. Kurze Zeit später tauchen die Billions mit fünf Schiffen auf. Ace setzt sie in Flammen.

Vivi, Ruffys Bande und Ace fahren den Sandora hoch, um sich nach Yuba zu begeben. Als sie anlegen, treffen sie auf die Kung Fu Robben, die Ruffy im Nu zu Kämpfern ausbildet. Dann machen sie sich auf den Weg durch die Wüste. Sie kommen nach Elumalu, die auch die Grüne Stadt genannt wurde. Es stellt sich heraus, dass die Baroque-Firma die Wasserversorgung der Stadt zerstört hat und alle Bewohner geflohen sind. Elumalu besteht nur noch aus Ruinen, sie ist eine Geisterstadt. Wir erfahren auch den Grund des Bürgerkrieges auf Alabasta. Es geht um das Regenpulver Nebelin, das künstlich Regen erzeugen kann. Es ist schon seit einiger Zeit von der Weltregierung verboten worden, da es dem Nachbarland den Regen stiehlt ...

Ruffy und seine Freunde sind auf dem Weg durch die Wüste zur Oase Yuba, um die Rebellen aufzuhalten. Unterwegs gerät Ruffy immer wieder in Gefahr. Er will einen Skorpion verspeisen und wird von einer fleischfressenden Pflanze angegriffen. Dabei begegnet er einem Kamel, das er vor der Pflanze rettet. Kurz darauf ist eine riesige Sandora-Echse hinter ihm her, die ihn schnappen will. Mit dem Kamel gelingt es ihm zu fliehen und Ace schafft es, die Echse außer Gefecht zu setzen. Chopper scheint das Kamel zu kennen und alle machen sich weiter auf den Weg nach Yuba ...

Ruffy und seine Freunde begegnen auf ihrem Weg durch die Wüste dem Wüstenpiraten Barbarossa und seiner Bande. Ruffy zerstört den Hauptmast ihres Schiffes und macht sich daraufhin mit Vivi auf den Weg zur Knit-Oase, um dort Holz zu holen, damit der Mast repariert werden kann. Dabei stellt Vivi fest, dass sie ihre Begleiterin Lasa aus ihrer Kindheit kennt. Doch Lase spielt ein falsches Spiel und stellt Ruffy und Vivi eine Falle. Ace, der seine Freunde aus den Augen verloren hat, irrt in der Wüste umher, dabei stellen sich ihm seltsame Tiere in den Weg ...

Ruffy und seine Freunde verabschieden sich von den Wüstenpiraten und machen sich auf den Weg nach Ido, um dort ihre Wasservorräte aufzufüllen. Dort geben sich Kamyu und seine drei Freunde als Rebellen aus. Sie tun so, als ob sie die Beschützer des Ortes wären. In Wirklichkeit sind sie aber kleine Betrüger, die dort nur ein gutes Leben haben wollen und Wüstenräuber und andere Banditen mit großen Sprüchen von dem Dorf fernhalten. Als Ruffy und seine Bande dort auftauchen, bekommen sie's mit der Angst zu tun und wollen verschwinden, was ihnen nicht gelingt. Als es hart auf hart kommt, finden sie zu sich selbst und wollen das Dorf vor Ruffys Truppe verteidigen. Daraufhin beschließt Vivi, Kamyu und seinen Freunden den Ort anzuvertrauen. Ruffy und seine Freunde tun so, als ob sie vor den falschen Rebellen Angst haben und fliehen ...

Vivi erzählt Nami von ihrer Kindheit in Alabasta. Vor elf Jahren hat sie den Dorfjungen Corsa kennen gelernt, der sich bei ihrem Vater über die schlechten Lebensbedingungen in Alabasta beschwert hat. Corsa und seine Eltern dürfen daraufhin in Arbana bleiben und ihr Junge gründet eine Bande, die Wüstenkids. Kurz darauf freundet sich Vivi mit ihm an und wird Vize-Chefin in seiner Truppe. Als sie von Gangstern entführt werden soll, setzen die Wüstenkids ihr Leben auf's Spiel, um Vivi zu retten. In letzter Sekunde gelingt es Chaka und Peruh, den Leibwächtern von König Kobra, die Entführer außer Gefecht zu setzen ...

Auf seiner Suche nach Black Beard stößt Ace auf den Namen eines Mannes namens Scorpion, der Black Beard angeblich besiegt haben soll. Dieser Scorpion verfolgt Ace. Als er ihn angreifen will, trifft er auf Ruffy, der einem Stück Fleisch nachjagt, das ihm von zwei kleinen Jungs geklaut wurde. Scorpion erzählt Ruffy, dass er ein berüchtigter Kopfgeldjäger ist und Ace erledigen wird. Als es tatsächlich zum Kampf zwischen Ace und Scorpion kommt, schneidet Scorpion ziemlich jämmerlich ab und es stellt sich heraus, dass er der Vater der beiden hungrigen Jungs ist und sich nur um den beiden Jungs zu imponieren, aufgemacht hat, um Ace zu fangen. Ace und Ruffy sind ziemlich gerührt von der ganzen Geschichte und die beiden Kinder versuchen verzweifelt, ihren Vater davon abzuhalten, Ace noch mal anzugreifen. Als sich plötzlich versehentlich ein Schuss aus Scorpions Gewehr löst, bricht ein Steinschlag los und Scorpion beschützt seine beiden Söhne. Er steht jetzt doch noch als Held da und geht mit seinen Kindern wieder nach Hause.

Ruffy hat schon wieder von den verrückten Kakteen gegessen und dreht völlig durch und Chopper ist so erschöpft, dass er nicht weiterlaufen kann. Nami erinnert Zorro mal wieder an seine Schulden bei ihr und lässt ihn dafür mit Chopper und Ruffy zurück. Als Ruffy wieder zu sich kommt und Chopper sich einigermaßen erholt hat, machen die drei sich auf den Weg, den anderen zu folgen. Dabei versinken sie im Sand und landen in einer unterirdischen Ruine mit seltsamen Schriftzeichen. Es gelingt ihnen erst nach einer Weile, mit Ruffys Hilfe wieder an die Oberfläche zu gelangen. Die anderen sind inzwischen nach einer kurzen Rast weitergeritten. Als der Wind sich dreht, bekommt Chopper auf einmal Namis Parfum in die Nase und die Freunde finden sich wieder.

Unsere Freunde sind wieder vereint auf dem Weg zur Oase Yuba. In der Zwischenzeit treffen sich die Special Agents in Spider's Cafe. Es kommt zu einem Streit zwischen Mr. 2 und Mr. 1, der Mr. 2's Leute angreift. Pola, die in Wirklichkeit Miss Doublefinger ist, sorgt für ein Ende der Auseinandersetzung. Die Special Agents begeben sich nach Rainbase, wo sie das Krokodil kennen lernen sollen. Ruffy ist mit seiner Crew inzwischen in Yuba angekommen, wo ein schrecklicher Sandsturm tobt. Sie treffen dort Toto, von dem sich herausstellt, dass er Vivis Onkel ist. Toto fleht sie an, die Rebellion zu stoppen.

Ruffy, Vivi und die anderen übernachten in der Oase Yuba. Dort erfahren sie, dass die Rebellen-Armee inzwischen in Katorea ist und wollen dorthin zurückkehren. Die Spezial-Agenten der Baroque-Firma haben sich in Rainbase im Casino versammelt und treffen dort Mr. Zero, den sie bislang nicht persönlich gekannt haben. Mr. Zero alias das Krokodil bereitet sie auf ihre letzte große Mission vor. Plötzlich taucht Mr. 3 auf und bittet um eine zweite Chance. Er gibt zu, dass ihm die Strohhut-Bande und Prinzessin Vivi entwischt sind. Doch Mr. Zero kennt keine Gnade. Er gibt den Befehl, Ruffys Bande und Vivi zu erledigen. Die befinden sich inzwischen auf ihrem Weg Richtung Katorea, als Ruffy plötzlich streikt. Er sagt Vivi, dass er keinen Sinn darin sieht, nach Katorea zu gehen, weil damit Sir Crocodile nicht gestoppt würde. Zwischen Vivi und Ruffy gibt es eine Auseinandersetzung.

Prinzessin Vivi, Ruffy und seine Crew machen sich auf nach Rainbase, um dort das Krokodil zu treffen und zu erledigen. Inzwischen ist Karuh in Arbana angekommen und übergibt Vivis Botschaft an ihren Vater, den König von Alabasta. Der beschließt daraufhin, ebenfalls nach Rainbase aufzubrechen, um das Krokodil anzugreifen. Im Rebellen-Lager herrscht immer noch große Trostlosigkeit, ein kleiner Junge namens Kappa will sich den Rebellen anschließen, aber Corsa wirft ihn raus. Inzwischen sind Ruffy, Vivi und die anderen in Rainbase angekommen. Ruffy und Lysop wollen sich so schnell wie möglich Wasser beschaffen und treffen dabei auf Käpt'n Smoker und Tashgi. Daraufhin werden sie von der Marine verfolgt. Außerdem haben die Millions, die überall in der Stadt als Spitzel verteilt sind, die Strohhut-Bande bereits geortet und dem Krokodil berichtet, dass sie in der Stadt sind. Als Ruffy wutschnaubend auf das Casino, in dem sich das Krokodil befindet, zurennt, weiß Sir Crocodile bereits Bescheid.

Smoker, Ruffy und seine Freunde stürmen das Goldregen Casino, um mit dem Krokodil abzurechnen. Dabei geraten sie in eine Falle und landen in einem Käfig. Vivi ist noch in der Stadt und sucht ihre Freunde, als plötzlich Miss Bloody Sunday auftaucht, um sie auch ins Casino zu bringen. Da erscheint Peruh und legt sich mit der Baroque-Agentin an. Vivi geht ins Casino und will sich das Krokodil vorknöpfen, doch sie ahnt nicht, dass auch er Teufelskräfte hat und ist ihm unterlegen. Das Krokodil scheint fast am Ziel seiner Träume zu sein und Operation Utopia läuft an...